Прошло не так уж много времени после битвы у горы Хакурей. ИнуЯша с друзьями уже довольно долго путешествуют, ища камень душ. Порой им кажется, что поискам не будет конца. Да и Нараку всё ещё на уме у каждого из них. Ведь именно он был всему виной. Многие демоны успели получить осколки камня душ, однако Кагоме чувствует, что некоторые из них не настоящие. От новых камней исходит непонятная энергия. Она как раз и интересует Нараку, как и энергия камня душ. Однако камни эти могут чуять лишь полудемоны, а использовать могут все. Мико лишь ощущают энергию, когда камни рядом, однако на расстоянии они чувствуют лишь лёгкое головокружение.
Кагоме, чувствуя недуг и понимая, что школа требует внимания (особенно тесты), отправляется в своё время вместе с поспешившим за ней ИнуЯшей. Санго же обнаруживает нового полудемона. Но это не первый сюрприз.
Кикио, выжившая после встречи с Нараку, как обычно ведет свою игру.
Сещемару со своей «весёлой компанией» всё чаще сталкиваются с Кагурой, которая хочет вырваться из-под власти Нараку. Он должен поведать ей о том, что знает о таинственном кристалле, однако ему самому не охота признавать, что найти таинственный минерал может лишь полукровка. Единственный шанс – это использовать силы полудемонов, но согласятся ли те работать со своими врагами? И найдутся ли все осколки камня Душ? И самое главное – как связаны кристалл судеб и камень душ?
Тем временем в дремучем лесу возле глухой деревеньки затаился некий лорд Хаоса, которого очень интересуют Шикон-но-Тама и Кристалл судеб. Его дочь со странным именем Хикари-Кагомэ повсюду ищет осколки этих мощных артефактов.
Так как игра начинается примерно после битвы у горы Хакурей, то у Нараку есть на руках почти собранный Шикон. Условно считаем, что в мире осталось еще пять осколков, которые не попали к нему.